Cerita tentang Beasiswa Master Tropimundo (Tropical Biology) Part 1

Lama tidak menulis blog setelah saya lulus S1 Biotechnology…

Setelah lulus, saya kerja sebagai volunteer di Yayasan LINI Bali, sambil ngelamar beasiswa buat S2, dengan impian: pengen dapat beasiswa keluar negeri. Kerjaan yang asik, banyak berinteraksi dengan nelayan langsung, survey sampe akhirnya nginjak Raja Ampat, kenalan dengan ilmuwan2 n volunteer dari luar negeri.

Awalnya ngelamar di AusAID buat marine biology, dan udah ngarep banget. Pas Oktober 2013 dapat surat penolakan. Kecewa, tapi sadar diri juga karena AusAid targetnya kan lebih ke PNS sama yg udah pengalaman kerja, sementara saat ngelamar saya masih freshgraduate.

Korek-korek internet, cari beasiswa yang lagi buka, ketemu ini: http://www.tropimundo.eu/

Pas, buka beasiswa untuk biologist, dan penutupan pun tinggal sebulan lagi. Alhasil saya kalang kabut, mana lagi tugas di desa nelayan di Buleleng, internet susah. Modal internet yang sinyalnya sering cuma EDGE, saya pun mendaftar. Mengisi formulir lewat HP. Syukurnya saya udah punya sertifikat TOEFL, passport dan scan dokumen2 lain yg diperlukan.

Salah satu syarat yang paling ribet adalah: kita gak diwawancara, tapi mereka minta 3 orang reccomendator dari bidang akademia atau professional buat diwawancara. Orang pertama, tentu dosen pembimbing skripsi. Orang kedua, Wakil Rektor kampus yg juga dosen ekologi. Orang ketiga? Bingung, antara bos tempat kerja, volunteer expert aquarist dari australia atau siapa.. Tetapi karena bidang akademia lebih diutamain, akhirnya ane minta tolong professor dari USA yg lagi kerja bareng penelitian di Buleleng. Terkumpul sudah 3 orang yg akan menentukan nasib.

Tapi tentu setelah ditolak AusAid, saya gak berharap banyak. Jadi bawaannya selow aja. Eh tau-tau 22 Desember 2013 dapat ucapan selamat keterima untuk program dan beasiswa, dan ucapan selamat Natal. Kalimat terakhir dari koordinator beasiswanya ane masih inget: be ready to pack for Europe!

Saya akan berangkat pada September 2014. Jadi kalau keterima tahun ini, mulainya tahun depan. Sementara tetap ngelanjutin kerja.

Sebelum berangkat, harus melewati proses pembuatan visa yg melelahkan. Sempat ketipu juga karena pake jasa calo, karena waktu harus ngurus saya sedang tugas ke Maluku dan Papua, sama waktu itu mau mendaki Rinjani.

Bikin SKCK aja udah repot, saat itu minta tolong Ayah yang di Kalimantan untuk buat SKCK Polda buat lanjut ke Polri, dan saya harus scan sidik jari. Untuknya bisa scan di Jayapura, dan SKCKnya diterbitkan di Polda Kalbar.

Setelah resign kerja, saya pun buru-buru mengurus semua dokumen, 3 minggu wara-wiri di Jakarta sampai hapal jalur Busway (Thanks Komuta apps).

1 minggu untuk mengejar calo yang masih pegang ijazah ane, ini drama banget. Untungnya ane numpang di rumah sohib ane yang Ayahnya orang TNI AU, keder deh tu calo pas ane diantarin buat kerumah calonya. Besoknya ijazah ane buru2 dibalikin meski uang gak kembali. Waktu itu sampe nangis sama kegoblokan sendiri kenapa percaya calo. Peringatan buat temen-temen, kalo ngurus administrasi janganlah calo-caloan. Mending usrus sendiri

2 minggu selanjutnya persiapan sendiri buat visa:  SKCK di Polri (cuma perlu 2 jam), Legalisir ijazah dan transkrip nilai : lewat DIKTI (3 hari), lanjut ke Kemenkumham (3hari), lanjut ke Kemenlu (2 hari), Proses di Kedubes Belgia (sehari).

Untungnya ada barengan teman dari Jakarta yg dapat beasiswa bidang komputer dan ke Belgia juga, jadi ada yang ngurusin tiket. Oya, tiket dan ngurus visa harus bayar sendiri, kalo udah sampai di Eropa nanti diganti. Jadi sebelum berangkat harus menukar Rupiah ke Euro dulu di Jakarta.

Nilai beasiswa, kalau dirupiahin berasa fantastis:

  • Uang kuliah 2 tahun 16.000 EUR
  • Uang idup (kost ma makan) 1000 EUR/bulan selama 2 tahun = 24.000 EUR
  • Uang jalan tiap semester 2000 EUR = 8.000 EUR

Total 48.000 EUR. Kalau dirupiahin sekitar 700juta. Eh buset, saya kerja volunteer aja gaji 1,5 juta sebulan. Mendadak berasa kaya, udah ngebayangin kalau 700 juta itu ditukerin 1000 rupiah kertas, bisa disusun buat jadi kasur. Meskipun nyatanya 1000 EUR di Eropa itu standar idup anak kost Jogja.

Lebih asik lagi, belajarnya tentang tropical ecology. Trayeknya semester pertama di Belgia, semester kedua mestinya di Kamerun (karena berbagai isu akhirnya dialihkan ke Malaysia), dan sekarang semester 3 di Italy. Semester depan balik ke Belgia.

12 September akhirnya saya berangkat, dilepas sama pacar di Soekarno-Hatta. LDR deh. Masih bertahan dan menguat sampai sekarang❤ gak penting ih

Ini kali pertama ane keluar dari batas NKRI. Syukurlah teman ane bukan kali pertama keluar negeri, jadi ane ngikut aja, sehingga gak perlu terlihat sepok/kampungan/ndeso.  Pesawat internasional ajib banget, kayak ayam pedaging tiap 4 jam dikasih makanan bergizi dan enak. Minuman free flow, dingin jadinya bolak-balik ke WC. Tiap angku ada TV buat nonton film. Pramugaranya kyk butler, bapak2 tua pake jas. Sementara ane pake baju gembel, tapi dilayanin dengan ramah dan senyuman.

Akhirnya mendarat di Belgia. Hal pertama: dingin. Hal kedua: kita salah jalan menuju penginapan, nyeret koper berat dan kelelahan. Disitu saya merasa sedih. Hal ketiga: ada mbak-mbak bule kekar yang bantu nyariin arah dan nyeretin koper, jadi stigma orang Eropa itu individualis dan gak suka menolong itu salah. Hal keempat: apartemen tempat kami tinggal lagi tengah proses pertukangan, dan blok saya mati lampu. Akhirnya tidur di kamar teman pakai sleeping bag.

Sekian dulu pengalaman sampai menjejak tanah Eropa~

 

 

 

 

 

 

 

Blog ini ternyata rame juga~ terima kasih para praktikan

Udah hampir setahun nggak buka Blog ini, ternyata masih aja rame pengunjungnya. Mayoritas pasti praktikan yang mau buat laporan praktikum! Iya kan? huahahahahahah

Awalnya saya hanya membuat blog ini untuk posting isi laporan praktikum saya. Eh gak nyangka malah jadi lumayan ramai pengunjungnya. Padahal sebenarnya nilai praktikum saya nggak pernah bagus.

Praktikum buat saya adalah kegiatan yang kontradiktif. Menjalaninya seru, bikin laporannya mual. Biasanya bikin laporan pasti menjelang deadline, dan bergadang, karena alasan yang simple: malas mengerjakannya. Dan laporan itu pun hanya akan diprint, dinilai, dijilid kemudian ditimbun di kost.

Daripada tulisan panjang yang telah saya buat (serius lho panjang, kalau laporan praktikum selama S1 itu ditumpuk, tingginya lebih dari setengah meter, mengalahkan draft buku Harry Potter atau A Song of Ice and Fire) – berjamur dan hilang, lebih baik saya bagi di dunia maya.

Tapi percayalah, laporan praktikum itu ada gunanya juga…. bagi yang ingin menjadi dosen atau peneliti. Referensi praktikum paling diwajibin 5, tapi kalo dah nulis jurnal paling nggak 10, bahkan bisa berpuluh-puluh. Well, diluar profesi itu sebenanrnya saya lebih suka membuat tulisan santai tanpa perlu bahasa baku dan harus mencantumkan nama orang dibelakangnya.

Dan bila ternyata para praktikan sekalian di masa depan gak berminat jadi dosen atau peneliti, kan lumayan laporannya bisa jadi ganjalan pintu. Yang jelas saat kalian lulus dan melihat jilid-an laporan kalian ditumpuk, pasti akan kaget dan kagum sendiri : “Gilak! setebal ini eyke yang nulis?!! Sumpe lo brooow?!”. Perasaan yang menakjubkan.

Mekanisme Resistensi Bakteri

Ada beberapa mekanisme resistensi bakteri terhadap antiobiotik, antara lain :

  1. Mengurangi Permeabilitas, yaitu dengan mencegah antiobiotik masuk ke dalam sel. Dapat dilakukan dengan mengubah struktur membran. Contohnya adalah resistensi Pseudomonas aeruginosa terhadap penicillin
  2. Inaktivasi antibiotik, yaitu dengan memiliki enzim khusus yang akan memodifikasi antibiotik, sehingga antibiotik tidak berbahaya lagi bagi si bakteri. Contohnya adalah resistensi Staphylococcus aureus terhadap chloroamphenicol.
  3. Mengubah tempat antibiotik menempel (berikatan), yaitu dengan mengubah tempat dimana biasanya antibiotik akan membentuk ikatan kimia lalu merusak bakteri. Dengan mengubah binding site ini, antibiotik tidak bisa menempel, dan tidak memiliki efek pada bakteri. Contohnya adalah Staphylococcus aureus mengubah PBP (penicillin binding protein).
  4. Mengubah jalur metabolisme, yaitu dengan mengganti atau tidak memakai lagi suatu bahan intermediate dalam reaksi metabolisme yang diganggu oleh antibiotik. Contohnya beberapa bakteri sulfoamida-resisten tidak memakai lagi PABA (para amino benzoat acid) dalam jalur sintesis asam folatnya, karena PABA dapat dihambat oleh antibiotik. Bakteri ini menggunakan preformed-folic-acid sebagai gantinya.
  5. Memompa (efflux), yaitu dengan mengembangkan protein pump khusus pada membrannya untuk memompa antibiotik keluar sel. Contohnya resistensi Bacillus subtilis dan Staphylococcus aureus terhadap tetrasiklin.

Cleaner Shrimp: Lysmata amboinensis

Udang pembersih (Lysmata amboinensis) adalah salah satu spesies umum penghuni ekosistem terumbu karang di daerah Indo-Pasifik. Decapoda ini adalah omnivore yang memiliki kebiasaan unik : membersihkan mulut kliennya dari jaringan mati dan parasit.
Beberapa dari kliennya adalah moray eel, ikan wrasse, dan dalam foto diatas, guide diver kami saat di Tulamben, Bali. Lysmata terkadang membuka “cleaning station”, dimana si udang ini mangkal menunggu klien. Bahkan terkadang terjadi antrian klien.
Bentuk simbiosis antar Lysmata dan kliennya adalah mutualisme, si udang dapat makanan, si klien mulutnya bersih. Bagaimana alam bisa mendorong terjadinya simbiosis ini, masih misteri. Karena bentuk simbiosis seperti ini membutuhkan tingkat kepercayaan antar spesies yang sangat tinggi. Besar kemungkinan ada yg berkhianat : si klien malah makan si udang atau si udang malah menggigit daging mulut klien. Atau mungkin saja ada spesies yang meniru (mimikri) salah satu dari mereka untuk mengambil keuntungan.
Bagaimanapun, begitulah terjadinya: sudah ada kesepakatan umum bagi Lysmata dan kliennya untuk tetap bersimbiosis mutualisme. And they live happily ever after: Lysmata with full stomach, clients with clean mouth

Ikan Badut / Amphiprioninae

Amphiprion clarkii

Amphiprion clarkii

Ikan badut (sub famili Amphiprioninae) terkenal karena beberapa hal : simbiosisnya dengan anemon laut dan (tentu saja) film finding nemo

Beberapa hal unik dari ikan ini :

1. simbiosisnya : anemon melindungi ikan badut dari pemangsa. ikan badut karena warnanya cerah dan menarik, menjadi umpan bagi ikan lain, agar anemon mudah menjerat mereka dan menagkap makanan (yup, anemon makannya ikan, kepiting juga kadang2)

ikan badut memiliki 2 mekanisme adaptasi untuk ini : resistensi terhadap racun anemon, dan mucus (lendir) dengan substansi dasar gula, sehingga tidak memicu nematocys anemon beraksi menyuntikkan racun (anemon bereaksi pada mucus ikan umumnya yg bersubstansi protein)

2. struktur sosialnya yang unik. dalam 1 kawanan ikan, yg terbesar adalah betina, yg kedua terbesar adalah jantan, sisanya tidak berkelamin (alat kelaminnya tidak berkembang). bila betina mati, jantan akan menjadi betina, dan ikan aseksual terbesar akan menjadi jantan. struktur ini sangat ketat dan tidak dapat diganggu gugat.

3. bentuknya yang lucu, sampai dibuat menjadi film oleh disney pixar~ padahal film itu berpesan, bahwa ikan lebih “senang kembali ke laut daripada di aquarium”, terbukti dari nemo yg mau pulang ke ayahnya, dan ikan2 lain yg mencoba melarikan diri dari akuarium si dokter gigi. tapi akibat dari film ini? kebanyakan orang tidak menangkap pesannya. ikan badut laris manis di pasaran, sampai2 breeder tidak mampu memenuhi permintaan, dan terpaksa mengambil dari alam. Dampak negatifnya : populasi ikan ini menurun drastis.

2 foto ini didapat dari trip awal juli kemarin ke karimun jawa. berbekal hp nokiyem 3720 classic dan dicapac uncerwater case, plus tag dive mpe kedalam beberapa meter, didapatlah foto ini. A. ocellaris yg tinggal di anemon ini hanya terdiri dari 2 ekor, sementara A. clarkii ada 3 ekor. yg difoto, adalah yg terbesar (kemungkinan betinanya) dan sangat agresif (teman saya digigit akibat terlalu bersemangat)~ agresi ini ditujukan juga pada hp saya, dan didapatlah foto muka garangnya A. clarkii (walopun tetap imut)

 

 

Amphiprion ocellaris

Amphiprion ocellaris

isolasi bakteri

Bakteri adalah domain yang terdiri dari makhluk hidup yang tidak memiliki membran inti (prokariota). Bakteri dulu terbagi menjadi Bacteria dan Archaebacteria, namun sekarang Archaebakteria memiliki domain sendiri yang disebut Archaea. Bakteri memiliki ciri-ciri antara lain tidak memiliki membran inti, tidak memiliki organel bermembran, memiliki dinding sel peptidoglikan, dan materi asam nukleatnya berupa plasmid (Postlethwait dan Hopson, 2006).

Bakteri memiliki beragam variasi bentuk, seperti coccus, basil, dan spiral. Bakteri dapat hidup soliter maupun berkoloni dan berkembang biak dengan cara membelah diri. Bakteri memiliki habitat yang bervariasi, dari air, tanah, udara, hingga dalam tubuh hewan, misalnya dalam usus manusia. Bakteri ada yang dapat hidup secara anaerob murni dan akan mati dengan adanya oksigen, ada yang bersifat aerob dan memerlukan oksigen untuk metabolismenya, dan ada yang bersifar aerob fakultatif yaitu dapat hidup pada kondisi anaerob, tapi bila ada oksigen, metabolismenya bersifat aerob  (Betsy dan Keogh. 2005).

Bakteri secara genetis diklasifikasikan menjadi 5 grup besar, yaitu Proteobacteria, Cyanobacteria, Spirocheta, Chlamydia, dan Firmicuta. Proteobacteria merupakan grup bakteri terbesar dan merupakan asal usul mitokondria pada eukariota dengan proses endosimbiosis. Cyanobacteria merupakan grup bakteri yang memiliki klorofil dan dapat berfotosintesis. Spirocheta adalah kumpulan bakteri yang berbentuk spiral. Chlamydia adalah bakteri dengan ukuran yang relatif kecil dibanding grup lain dan umum hidup sebagai parasit. Firmicuta adalah bakteri yang umum memproduksi endspora (Purves dan Sadava, 2003).

Isolasi bakteri adalah proses mengambil bakteri dari medium atau lingkungan asalnya dan menumbuhkannya di medium buatan sehingga diperoleh biakan yang murni. Bakteri dipindahkan dari satu tempat ke tempat lainnya harus menggunakan prosedur aseptik. Aseptik berarti bebas dari sepsis, yaitu kondisi terkontaminasi karena mikroorganisme lain. Teknik aseptik ini sangat penting bila bekerja dengan bakteri. Beberapa alat yang digunakan untuk menjalankan prosedur ini adalah bunsen dan laminar air flow Bila tidak dijalankan dengan tepat, ada kemungkinan kontaminasi oleh miroorganisme lain sehingga akan mengganggu hasil yang diharapkan. Teknik aseptik juga melindungi laboran dari kontaminasi bakteri (Singleton dan Sainsbury, 2006).

Bakteri di alam umumnya tumbuh dalam populasi yang terdiri dari berbagai spesies. Oleh karena itu, untuk mendapatkan biakan murni, sumber bakteri harus diperlakukan dengan pengenceran agar didapat hanya 100-200 bakteri yang ditransfer ke medium, sehingga dapat tumbuh menjadi koloni yang berasal dari bakteri tunggal.

Ada beberapa metode untuk menginokulasi bakteri sesuai dengan jenis medium tujuannya. Pada medium agar tegak, dilakukan metode tusuk menggunakan jarum ose. Pada medium agar miring, dilakukan metode gores dengan menggunakan loop ose. Pada medium petridisk, dapat digunakan metode streak plate (metode gores), pour plate (metode tuang) atau spread plate (metode sebar) Setelah inokulasi, dilakukan proses inkubasi, yaitu menyimpan medium pada alat atau kontainer ada temperatur tertentu dan periode tertentu, sehingga tercipta lingkungan yang menyediakan kondisi cocok untuk pertumbuhan bakteri.  (Harley dan Presscot, 2002).

Metode gores atau streak plate menggunakan loop ose dan menggoreskannya ke permukaan medium agar dengan pola tertentu dengan harapan pada ujung goresan, hanya sel-sel bakteri tunggal yang terlepas dari ose dan menempel ke medium. Sel-sel bakteri tunggal ini akan membentuk koloni tunggal yang kemudian dapat dipindahkan ke medium selanjutnya agar didapatkan biakan murni.

Metode tuang atau pour plate dilakukan dengan 2 cara, yaitu dengan mencampur suspensi bakteri dengan medium agar pada suhu 50ºC kemudian menuangkannya pada petridisk atau dengan menyemprotkan suspensi pada dasar petridisk, kemudian menuang medium agar keatasnya dan diaduk. Setelah agar mengeras, bakteri akan berada pada tempatnya masing-masing dan diharapkan bakteri tidak mengelompok sehingga terbentuk koloni tunggal.

Metode sebar atau spread plate dilakukan dengan menyemprotkan suspensi ke atas medium agar kemudian menyebarkannya secara merata dengan trigalski. Dengan ini diharapkan bakteri terpisah secara individual, kemudian dapat tumbuh menjadi koloni tunggal.

Metode pemaparan pada udara terbuka adalah metode untuk mengisolasi bakteri udara. Metode ini sangat simpel, yaitu dengan memaparkan medium pada udara terbuka, dengan harapan ada bakteri yang menempel dan kemudian akan tumbuh menjadi koloni.

Betsy dan Keogh. 2005. Microbiology Demystifed. McGraw-Hill Publisher. USA.

Harley dan Presscot. 2002. Laboratory Exercise in Microbiology. McGraw-Hill Publisher. USA.

Postlethwait dan Hopson. 2006. Modern Biology. Holt, Rinehart and Winston. Texas.

Purves dan Sadava. 2003. Life The Science of Biology 7th Edition. Sinauer Associates Inc. New York.

Singleton dan Sainsbury. 2006. Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 3rd Edition. John Wiley and Sons. Sussex, England.